金针菇有白色和黄色两个品种，分冷库和自然栽培两种方式。黄色品种的优质金针菇颜色，应为淡黄至黄褐色，菌盖中央较边缘稍深，菌柄上浅下深；而白色品种的优质金针菇，则应是白色或乳白色。
黄金针菇和白金针菇的区别主要有有品种不同、颜色不同两个方面。
黄色种菌盖黄色至浅黄色，菌盖较大，一般1至2厘米，菌柄褐色或深褐色且粗壮挺拔。这类品种子实体形成个数相对较少，但均匀整齐，产量高，抗逆性强。白色种俗称白色金针菇，其色泽纯白，很适合鲜食，营养价值高、价格也高。
白色种菌盖白色，菌柄细且柔韧，菌盖小到中等，菌柄白色，基部常有绒毛，菌柄较长，子实体个数较多，不易开伞。这类品种几乎都引自日本，多数白色种产量相对较低，较黄色种和浅色低20％左右。白色种由黄色或浅色种突变而来，在长期的营养生长中发生突变的频率也较高，变异也很快，因此，退化的发生较前两类品种快，这也正是许多菇农使用来源不清的白色种产量低的重要原因。
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