化学成分不同：水晶的主要化学成分是二氧化硅，而碧玺的成分较为复杂，含有钠、铁、镁等化学元素；
颜色不同：水晶颜色有无色、浅黄、中至深黄色、绿至黄绿色等，而碧玺的颜色是各种宝石中极为丰富的了，如玫瑰红色、绿色、蔚蓝色、红色、深绿色等；
性能不同：水晶有压电性，而碧玺有热电性。
碧玺是电气石的一种工艺品名，也是电气石族中达到珠宝级别的一个种类，属于硼硅酸盐结晶体，含有铁、锂、钠、镁等化学元素，呈现出各种各样的颜色。国际珠宝界基本上按照颜色对碧玺来划分商业品种，颜色越是浓艳，价值越高。在选购时一定要注意透明度、颜色、纯净度等。
水晶是一种稀有矿物、宝石，属于石英结晶体，在矿物学上属于石英族。当水晶中含有铝、铁等微量元素时，其颜色呈黄色、紫色、粉色、茶色等。经过辐照微量元素形成不同类型的色心，所产生的颜色也是不同的，如茶色、紫色、黄色等。
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