１、两种的本质区别：
西瓜是一年生蔓生藤本植物；番茄即西红柿，是管状花目、茄科、番茄属的一种一年生或多年生草本植物。
２、形成的方式不同：
无籽西瓜是通过杂交育种形成三倍体的种子，种植后是得到无籽西瓜。无籽番茄是正常的番茄通过套袋使其不能受精而无籽，是通过涂抹生长素使其生长形成的。
３、无籽的原因不同：
无籽西瓜是因为联会紊乱而不能形成生殖细胞，所以没有种子。无籽番茄则是因为没有进行受精，所以没有种子。
４、营养价值不同：
番茄含有丰富的胡萝卜素、维生素Ｃ和Ｂ族维生素。西瓜则富含：蛋白质、葡萄糖、蔗糖、果糖、苹果酸等营养物质。
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