1、组成部门不同，卫生厅是根据中共中央、国务院批准设置的，是省人民政府主管全省卫生工作的组成部门。国家卫生健康委员会是国务院组成部门，为正部级。
2、主要职责不同，卫生厅，推进医药卫生体制改革。贯彻党和国家关于卫生工作的法律、法规和方针、政策，组织实施国家卫生标准和技术规范。卫健委，组织拟订国民健康政策，拟订卫生健康事业发展法律法规草案、政策、规划，制定部门规章和标准并组织实施。
人民健康是民族昌盛和国家富强的重要标志。为推动实施健康中国战略，树立大卫生、大健康理念，把以治病为中心转变到以人民健康为中心，预防控制重大疾病，积极应对人口老龄化，加快老龄事业和产业发展，为人民群众提供全方位全周期健康服务。
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