1、科属区别
河豚也称为淡水豚，主要有亚马逊河豚、白鳍豚、恒河豚、普拉塔河豚等。它主要栖息在淡水河流环境中，形状类似于海豚科。海河豚属于30多种海洋哺乳动物的总称，主要栖息在海洋中，有些可以暂时性地在淡水生存。
2、形态区别
河豚的体形比海豚大，可以长到3米长，与海豚不同的是头部可以旋转90度，这使得在复杂的河道中占据优势。有时也和海豚一样，集体追赶鱼群从而提高捕食效率。
3、产地区别
河豚总科拥有四个栖息于淡水河流及河口的现存品种，当中三个生活在淡水河中，而另外一个品种普拉塔河豚则是生活在咸水河口及近岸海洋，然而，于科学分类中，它仍被列入淡水豚总科而不是海豚科。海河豚在我国资源极为丰富，中国沿海产54种，沿海一带几乎全年均可捕获。在长江、珠江则在春、夏之间出现汛期，为沿海及江河中下游的主要渔业对象之一。
4、毒性区别
海河豚分布在近海及河流入海地段，有些种类的脏器和血液有剧毒。河豚则是哺乳纲淡水豚科动物的统称，有白鳍豚等，主要生活在江河中，腹内脏器无毒。
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