贝加尔湖是由印度板块和欧亚板块相互碰撞后的强烈地震而形成的，由于地壳变动，形成了贝加尔湖。贝加尔湖形成于约2500万年前，有色楞格河等336条大小河川注入，汇水面积为55.7万平方千米。
贝加尔湖两侧有1000～2000米的悬崖峭壁，构造罅隙四周围绕着山脉，周围多变质岩，沉积岩和岩浆岩贝加尔湖的湖岸每年以两厘米的速度向两边拉开。贝加尔湖有作为许多海洋的典型特征——深不可测，巨大的库容、暗流、潮汐、强风暴、大浪、不断变大的裂谷、地磁异常等等。贝加尔洼地是不对称的，西部的坡面比东部更加陡峭。
叶尼塞河支流安加拉河由此流出，湖中有27个小岛，因未受第四纪冰川覆盖，湖中仍保留着第三纪的淡水动物，著名的有贝加尔海豹、凹目白鲑、奥木尔鱼、鲨鱼等，该湖是西伯利亚的重要渔场，对该地区气候有较大影响。
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