1.价格不同，水果玉米价格较贵，普通玉米价格适合大众消费。两者的栽培方法不同，培养成本也不一样。
2.起源不同，水果玉米是起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲，普通玉米起源于中国，而且栽培历史也很悠久。
3.分类不同，水果玉米可以分为普通的、超甜型的、加强型的；而普通的玉米可以分为白色糯玉米、黄色、黑色糯玉米，用颜色来划分。
水果玉米植株较矮，富含水溶性多糖、维生素A、维生素C、脂肪和蛋白质等。水果玉米吃起来有明显的甜味，而且嫩的水果玉米是可以直接生吃的。
普通玉米栽培技术简单，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值，深受玉米产业者的欢迎。
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