分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。
原子构成化学元素的基本单元和化学变化中的最小微粒，即不能用化学变化再分的微粒，由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有119种。 因此具有核式结构。
分子和原子的区别如下：
1、组成结构不同
原子由质子和中子组成，正原子的原子核由带正电的质子和电中性的中子组成，负原子原子核中的反质子带负电，从而使负原子的原子核带负电。而分子是由原子构成的，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。
2、参与化学反应性质不同
原子是化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。而分子在化学反应中可以再分割，不同物质的分子中各种原子进行重新结合。
3、历史发展不同
原子的提出早于分子。
1789年，法国科学家拉瓦锡定义了原子一词，从此，原子就用来表示化学变化中的最小的单位。而最早提出确切的分子概念的是阿伏伽德罗，他于1811年发表了分子学说，认为：“原子是参加化学反应的最小质点，而分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。
以上就是分子和原子的区别，分子是保持物质化学性质的最小粒子。原子是化学变化中的最小粒子。
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